土壤哺育了整個自然界，是生命生存的基礎(chǔ)。常規(guī)農(nóng)業(yè)使土壤肥力下降，結(jié)構(gòu)破壞，水土流失嚴(yán)重，而保護(hù)土壤卻是有機(jī)農(nóng)業(yè)的核心。有機(jī)農(nóng)業(yè)的所有生產(chǎn)方法都應(yīng)該立足于土壤健康和肥力的保持與提高。健康的土壤→健康的植物→健康的動物→人類健康，這一反應(yīng)鏈的起始就是土壤。
土壤也是一個農(nóng)業(yè)系統(tǒng)內(nèi)營養(yǎng)物質(zhì)循環(huán)的基石。在一把土壤中，宙有無數(shù)的土壤微生物，它們運輸養(yǎng)分并提供給植物根部吸收。與家畜一樣，土壤微生物也需要“喂食”，有機(jī)糞肥、作物殘茬與綠肥都能為土壤中的生命提供營養(yǎng)；而且，活著的植物通過其根部釋放有機(jī)物質(zhì)，也可用做土壤微生物的食物。
因此，在有機(jī)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中，土壤培肥是先用有機(jī)肥喂土壤，這些有機(jī)肥再通過土壤微生物的加工分解反過來為植物提供生長所需的各種物質(zhì)，而不像常規(guī)農(nóng)業(yè)那樣用化學(xué)肥料直接為作物提供養(yǎng)分。因此，可以說，健康的土壤是有生命的土壤。土壤生物（微生物、昆蟲、蚯蚓等）的活性決定著土壤是否肥沃。肥沃的土壤結(jié)構(gòu)保持了適宜的土壤濕度，保證了*佳的植物生命狀態(tài)，從而也能提高植物抵抗病蟲害的能力。
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