有機肥料中的氮主要以有機態(tài)存在。有機肥料進入土壤中后，在土壤微生物的作用下，隨時都同時進行著兩個相反的過程，一個是各種形態(tài)的有機氮，主要是多肽及其衍生物經過降解、脫酰胺化等作用變?yōu)镹H:-N(礦化作用)。
另一個是礦質態(tài)氮，包括銨態(tài)氮和硝態(tài)氮經過微生物的同化作用，變?yōu)橛袡C態(tài)氮（生物同持作用）。土壤中的銨態(tài)氮和硝態(tài)氮量的增多或減少，將視兩個作用相對強度的大小不同而定。當?shù)V化釋出的氮量大干微生物同化的氨量時，礦質態(tài)氮量將增多，是謂之凈礦化，反之，礦質態(tài)氮量將減少，將從環(huán)境中同化一部分另外來源的礦質態(tài)氮，是謂之凈固持。
有機肥釋出的NH4-N和化學氮肥中的銨一樣，一部分很快的被土壤膠體所吸附，一部分則仍存留在七壤溶液中。二者的比例取決干土壤的陽離子交換量和陽離子變換復臺體的性質。
在一些含有較多量蛭石和水云母的土壤中，部分NH3-N還可由交換態(tài)變?yōu)榈V物固定態(tài)。土壤溶液中的銨，可被作物直接吸收或通過硝化作用轉變?yōu)镹O-N后被作物吸收，也可通過氮揮發(fā)、反硝化作用以及淋溶作用等而損失。
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